Nel 1568, su proposta di Ulisse Aldrovandi, il Senato bolognese istituì l’Orto botanico, uno dei più antichi d’Italia, il quarto al mondo, dopo Pisa, Padova e Firenze, tutti fondati attorno alla metà del ’500.

La prima sede dell’Orto fu nel centro della città, all’interno del Palazzo Pubblico in un cortile che oggi corrisponde approssimativamente alla Sala Borsa.

L’Orto si sviluppò nel Seicento lungo la linea tracciata da Aldrovandi; intervennero però nel corso del secolo due mutamenti fondamentali legati l’uno all’altro: l’enorme aumento di conoscenze floristiche ed il progressivo affrancamento della botanica dalla scienza medica.

Inevitabilmente il cortile del Palazzo Pubblico si rivelò poco adatto ad ospitare un vero Orto Botanico e così, nel 1587, si provvide a trasferire la coltivazione in un sito più ampio presso l’attuale Porta S. Stefano, dove le piante coltivate salirono da 800 nel 1573 a circa 3000 nel 1595.

All’interno del Palazzo Pubblico rimase solo la collezione dei “semplici”, cioè delle piante medicinali, necessaria alle esercitazioni. Nel 1803, infine, l’Università acquistò, all’interno delle mura, tra Porta San Donato, Porta Mascarella e Via Irnerio, un’ampia area prevalentemente agricola, ma già provvista di giardini e viali alberati, dove venne definitivamente ubicato, nella sede attuale, il nuovo Orto Botanico, sorto dalla riunificazione delle collezioni di Palazzo Pubblico e di Porta Santo Stefano.