La Guardia di Finanza di Bari insieme a quella di Bologna, hanno arrestato 11 persone, nell'ambito dell'inchiesta della Procura di Bari sul crac da 230 milioni delle Ferrovie Sud Est: coinvolti, oltre all'ex amministratore unico Luigi Fiorillo, anche tre bolognesi accusati di bancarotta fraudolenta. 

Le persone indagate dal pool di magistrati baresi composto dal procuratore aggiunto Roberto Rossi e dai pm Bruna Manganelli, Luciana Silvestris e Francesco Bretone sono 29. Le indagini hanno riguardato un presunto "sistema di dissipazione del patrimonio pubblico appartenente alle Fse". Agli arresti domiciliari per bancarotta fraudolenta dunque anche un imprenditore bolognese  insieme a due familiari (Aggiornamento: il tribunale ha successivamente disposto la revoca delle misure cautelari).

Le accuse contestate, a vario titolo, sono di bancarotta fraudolenta documentale, societaria e patrimoniale. I fatti oggetto di indagine si riferiscono agli anni 2001-2015, fino a quando la società è stata commissariata. Secondo i magistrati vi sarebbe stato un "radicato sistema di affidamenti ad personam di incarichi professionali e di appalti milionari per servizi, lavori e forniture, cui è conseguita una esposizione debitoria" di centinaia di milioni din euro. I provvedimenti restrittivi, le perquisizioni e i sequestri sono stati effettuati a Bari, Roma, Bologna, Lecce e Maglie. Ferrovie Sud Est è attualmente una società interamente partecipata dal Ministero dei Trasporti, concessionaria per la Regione Puglia del servizio ferroviario, acquistata circa un anno fa da Ferrovie dello Stato e al momento sottoposta a procedura di concordato preventivo in continuità. 

La Gdf, come si legge su Bari Today, ha eseguito sequestri preventivi fino al valore di circa 90 milioni di euro nei confronti di 15 indagati dell'inchiesta. L'indagine è stata avviata a marzo 2016 dopo la relazione del commissario straordinario di Fse integrata da ulteriori esposti della Procura. Nella relazione si individuavano alcune ipotetiche cause del dissesto tra cui, spiega il gip "una lunga serie di atti e decisioni che hanno progressivamente depauperato il patrimonio della società e compromesso gravemente il suo equilibrio economico-finanziari". Nelle carte dell'indagine si evidenzia che l'ex amministratore unico di Fse, Luigi Fiorillo, avrebbe frequentato "lussuosi ristoranti e sale da the, ponendo le relative spese a carico della società". Tra gli acquisti vi sarebbe stata una bottiglia di vino da 2600 euro comprata nel giugno 2009 da un'enoteca di Roma. Fiorillo, inoltre, si sarebbe fatto rimborsare per anni 14mila euro al mese per l’autista personale, pur essendo la società dotata di un proprio autista.